En esa primera etapa, la Fundación concentró su atención en apoyar varias iniciativas dentro de la Cancillería y en la formación de una nueva generación de diplomáticos centroamericanos con vocación por la paz, el diálogo y la integración a través de los programas del Instituto del Servicio Exterior Manuel María de Peralta.   

El nacimiento de FUNPADEM coincide con acontecimientos llenos de dramatismo:   la finalización de la Guerra Fría con la caída del muro de Berlín y  el fin de los conflictos armados en Centroamérica, mediante la firma de los Acuerdos de Paz de Esquipulas.  La democracia, la paz, la libertad y los derechos humanos estaban siendo rescatados y con ellos la dignidad del ser humano.  FUNPADEM ha actuado en consecuencia. 

De 1995 a 2005 FUNPADEM abordó temas estratégicos para contribuir a la construcción de una región centroamericana más justa y de cara a la gente, así como a aportar su conocimiento y experiencia en otros países:

• promovió una nueva visión de las fronteras de Centroamérica como lugares de encuentro y amistad en vez de separación y conflicto;
• sumó esfuerzos para la protección y la gestión integrada del agua;
• desarrolló diversas iniciativas orientadas a fortalecer la institucionalidad democrática de los países centroamericanos y a promover y poner en práctica formas más efectivas de participación ciudadana;
• generó pensamiento y acciones específicas para que el proceso de integración centroamericano sea un instrumento para mejorar la vida de las personas y no un fin en sí mismo;
• mostró las difíciles condiciones que afectan a la población desplazada por conflictos internos como el de Colombia;
• difundió los principios de un desarrollo local como proceso de amplia participación ciudadana con municipios autónomos y eficientes;
• estudió el impacto y las consecuencias del crimen organizado internacional sobre la democracia y la sociedad;
• trabajó en el fortalecimiento y modernización de los ministerios de trabajo y por el cumplimiento de los derechos laborales internacionalmente reconocidos; entre muchas cosas más.  

Los valores que han orientado esta intensa labor de la Fundación son el compromiso social, la ética, la solidaridad y la calidad técnica en sus intervenciones.   

 En 2007, siguiendo la inspiración del legado de don Rodrigo, FUNPADEM reiteró su compromiso organizacional bajo la misión de “Cumplir acciones protagónicas en la construcción conjunta de sociedades más libres, justas y solidarias, sustentadas sólidamente en la paz y la democracia”.

 La labor llevada a cabo no hubiera sido posible sin el apoyo, aportes, dedicación y esmero de muchos colaboradores permanentes o temporales que durante estos veinte años contribuyeron al cumplimiento de los compromisos de la organización.  Es un momento propicio para rendirles un homenaje por su contribución.

 Gracias a un sinnúmero de instituciones y organizaciones públicas o privadas, organismos y agencias de la cooperación internacional, fundaciones, universidades y redes, FUNPADEM ha cumplido y continuará cumpliendo con su misión y con el legado de don Rodrigo.

 Para conmemorar estas dos décadas de existencia,  a lo largo del año 2008 llevaremos a cabo varias actividades con las que deseamos renovar nuestra adhesión a los principios que inspiraron la creación de la Fundación y rendir homenaje a don Rodrigo Madrigal Nieto como paradigma que alumbra nuestro camino por un futuro más luminoso para nuestros pueblos.